Τα εκπαιδευτικά προγράμματα πραγματοποιούνται στους χώρους του Μουσείου, οι οποίοι είναι διαμορφωμένοι κατάλληλα και οργανωμένοι με πολυμέσα ώστε να προκαλείται το ενδιαφέρον των συμμετεχόντων και να ενεργοποιούνται πολυτροπικά ποικίλες δεξιότητες των μαθητών.

Οι γνώσεις και οι εμπειρίες που προσφέρει το Ιστορικό Μουσείο Αλεξανδρούπολης με τις διάφορες δράσεις του και τα εκπαιδευτικά του προγράμματα το ανάγουν σε ένα περιβάλλον άτυπης μάθησης που διευκολύνει την αυτόβουλη μάθηση των επισκεπτών του και την ανάπτυξη νέων ιδεών. Έτσι, ο εκπαιδευτικός ή μάλλον ο παιδευτικός του ρόλος αποκτά ιδιαίτερη σημασία.

Επιπλέον, δίνεται πρόσβαση σε φοιτητές στο αρχειακό υλικό και τις ιστορικές πηγές που διαθέτει το Μουσείο, προκειμένου να εκπονηθούν εργασίες σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο και  να δημιουργηθεί πεδίο για την πρακτική άσκηση των φοιτητών.