Η μόνιμη έκθεση με θέμα την ιστορία της Αλεξανδρούπολης περιλαμβάνει θεματικές ενότητες για τους αρχαιολογικούς χώρους και τα ευρήματα της περιοχής, τη δημιουργία της πόλης και τη σχέση της με τον σιδηρόδρομο και το λιμάνι, την αστική και αρχιτεκτονική φυσιογνωμία της, την οικονομική και πολιτική διαδρομή της, την πνευματική και κοινωνική ζωή καθώς και τις πληθυσμιακές ομάδες που τη συγκρότησαν.

Η έκθεση αρθρώνεται μέσα από μια σύγχρονη μουσειολογική και μουσειογραφική προσέγγιση, με τη χρήση φωτογραφικών συνθέσεων και αναπαραστατικού υλικού, με διαδραστικά οπτικοακουστικά μέσα και προβολές, όπως επίσης και με συλλογές τεκμηρίων και κειμηλίων.